Трагічною сторінкою увійшла в літопис історії кримськотатарського народу його масова депортація, здійснена партійно-державним керівництвом СРСР. У ніч з 17 на 18 травня 1944 р., згідно з постановою Державного комітету оборони СРСР від 11.05.1944 р., з Криму почали депортувати кримських татар, звинувачених у «зраді батьківщини». Виселення кримських татар мало бути проведене до 1 червня 1944 року. За найбільш вірогідними оцінками істориків, депортації зазнали понад 194 тисячі кримських татар.
Кримських татар депортували у віддалені райони Сибіру, Уралу, Середньої Азії, де вони опинилися без документів, в умовах комендантського режиму, без права пересування навіть з метою пошуку загублених при виселенні сімей. Важкі умови побуту у поселеннях, які ускладнювалися незвичним кліматом та інфекційними захворюваннями, призвели до масових захворювань і смертності депортованих, що посилювалося фактичною відсутністю медичного обслуговування.
Внаслідок цього, уже в липні 1944 р. в Узбекистані спалахнула епідемія малярії та жовтухи. Зокрема, у Наманганській області захворіло 40% депортованих. Лише до 1 січня 1945 р. в Узбекистані померло 13 592 засланих кримських татар, що становило 9,1% від їхньої кількості. За перші півтора роки депортації загинуло 17,8% депортованих в Узбекистан кримських татар.
Починаючи з 1954 р., репресивна політика втратила свою інтенсивність. 13 липня 1954 р. Президія Верховної Ради СРСР відмінила свій указ від 26 листопада 1948 р. про кримінальну відповідальність за втечу з місць заслання.
ХХ з’їзд КПРС (лютий 1956 р.) відкрито засудив політику депортацій. Проте нові укази все ще забороняли депортованим повертатися у Крим.
У січні 1974 р. Президія Верховної Ради СРСР скасувала заборону грекам, вірменам, болгарам та кримським татарам повертатися в Крим на місця їх колишнього проживання.
Повернення кримських татар до Криму набуло масового характеру, починаючи з 1987 р. На початку 1990 рр. кримські татари стали третьою за чисельністю етнічною групою Криму.
Україна з часу проголошення незалежності взяла на себе повну відповідальність за долю всіх своїх громадян, включно з тими, що повертаються на її територію з місць депортації.
У 1992-2013 роках процес репатріації в Україну колишніх депортованих за національною ознакою осіб відбувався в рамках Угоди з питань, пов’язаних з відновленням прав депортованих осіб, національних меншин і народів, що була укладена у 1992 р. у м. Бішкек (Киргизстан) країнами-учасницями Союзу Незалежних Держав (так звана Бішкекська угода) та пролонгована у 2003 р. у м. Санкт-Петербург на наступний десятирічний термін.
До окупації Російською Федерацією АР Крим у лютому-березні 2014 р. Україна фактично за рахунок власних ресурсів здійснювала масштабну роботу, спрямовану на вирішення соціально-економічних проблем кримських татар та осіб інших національностей, які поверталися на постійне проживання до Криму.